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基因芯片诊断角膜常见致病真菌的临床应用
作者:王丽娅 张…  文章来源:河南省眼科研究所 河南省角膜病重点实验室 郑州 450003  点击数841  更新时间:2006/6/28 23:01:12  文章录入:zhangyl  责任编辑:毛进
目的:尝试采用基因芯片技术,设计针对不同菌种的寡核苷酸探针,利用玻片和尼龙膜两种固相载体作为片基,通过杂交反应对真菌性角膜病常见致病菌种进行临床快速检测。方法: 以ITS区基因为靶标,针对我国临床上常见的角膜致病真菌6属12种,包括腐皮镰孢菌、串珠镰孢菌、梨状镰孢菌、尖孢镰孢菌、烟曲霉菌、黄曲霉菌、土曲霉菌、黑曲霉菌、新月弯孢菌、牵连青霉菌、链格孢霉菌、白色念珠菌,设计合成一系列寡核苷酸探针,利用玻片和尼龙膜两种固相载体作为片基,制备寡核苷酸芯片, 以18rRNA和28rRNA通用引物对82株临床分离株样本和170例临床采集样本进行PCR扩增,将扩增产物与寡核苷酸芯片杂交,观测相应区域的荧光或显色情况,并与KOH涂片法和真菌培养法鉴定结果进行统计学比较。结果:1.在对82株临床分离株样本检测中,玻片法检出73株符合率为89.0%,尼龙膜法检出69株符合率为84.1%,χ2检验无显著性差异(χ2=0.840, P=0.359>0.05)。2. 170例临床角膜刮片标本,KOH涂片法检测阳性113例,阳性率为66.5%;真菌培养法阳性153例,阳性率为90.0%;玻片芯片检测阳性151例,阳性率为88.8%;尼龙膜芯片检测阳性142例,阳性率为83.5%。经χ2检验,玻片芯片检测法与尼龙膜芯片检测法阳性率无显著性差异(χ2=2.000,P=0.157>0.05),玻片芯片检测法与KOH涂片法阳性率差异具有显著性(χ2=24.47,P=0.000,P<0.05),玻片芯片检测法与真菌培养法阳性率差异无显著性(χ2=0.124,P=0.724>0.05);尼龙膜芯片检测法的阳性率与KOH涂片法阳性率差异具有显著性(χ2=13.192,P=0<0.05),而尼龙膜芯片检测法与真菌培养法阳性率差异无显著性(χ2=3.099,P=0.078>0.05)。3. 两种芯片均可与低于琼脂糖凝胶电泳显色浓度一个数量级的PCR扩增产物反应,敏感性高于PCR检测;在对82株临床分离株样本和170例临床采集样本的检测中,无非特异性杂交反应发生。结论:以ITS区基因为靶标的寡核苷酸探针芯片检测系统与传统的实验室检测手段比较,具有较好的特异性和灵敏度,大大缩短了检测时间,为真菌性角膜病的临床快速诊断提供帮助。
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