目的 利用肿瘤基因组解剖计划(CGAP)数据库进行数据挖掘,筛选视网膜母细胞瘤(RB)差异表达基因。方法 采用cDNA数字化基因差异显示(DGEG)工具对CGAP数据库中的2个视网膜母细胞瘤EST文库和7个正常视网膜组织EST文库进行分析;实时定量RT-PCR方法验证参与Wnt信号途径的2个差异表达基因WIF1和FRZB。 结果 以表达差异率F>2(P<0.05)为标准,共筛选出15,640条差异表达EST序列,代表317个基因,包括142个上调基因和175个下调基因;这些基因涉及蛋白合成、细胞周期调控与凋亡、细胞连接、代谢和视光感受等生物学过程,参与了JNK、Wnt、Ca2+和感光信号等多条信号传导通路;RB差异基因表达谱从侧面也揭示了视网膜母细胞瘤的生物学特征。实时定量RT-PCR方法验证WIF1和FRZB基因在RB组织中表达下调,与数字化筛选结果相一致。结论 利用生物信息学工具可以有效而快速筛选RB差异表达基因,为研究RB发生机制及RB的临床诊断和治疗提供新的参考依据。
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