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外显子组测序在眼病分子遗传学研究中的应用
作者:闫乃红  文章来源:四川大学华西医院眼科/眼科学研究室  点击数288  更新时间:2011/9/13  文章录入:毛进  责任编辑:毛进
目的 利用外显子组测序技术对复杂遗传眼病进行研究,通过公共数据库过滤并用sanger测序进行后期验证,找出与疾病有关的基因,以期为研究复杂眼病致病机制提供新的突破点。
方法 通过四个复杂眼病家系的分析,选取患者和正常人进行外显子组测序,利用生物信息学对测序结果进行分析,分步通过三个公共数据库(dbSNP129, 1000 genomes, HapMap8)进行过滤,根据家系的遗传特点进行数据筛选,用SIFT软件进行氨基酸替换预测,寻找与疾病有关的变异。
结果 四个复杂家系分别为非典型视网膜色素变性家系、白内障家系、青光眼家系、疑似BBS综合症家系。四个家系具有各自特点,非典型视网膜色素变性家系因患者仅一代,不能判断其遗传方式,临床表型与典型色素变性略有不同;白内障家家系大,遗传方式特殊,暂无Y染色体遗传方式相关致病基因的报道;青光眼家系眼部表现复杂,三个患者表型各有差异;疑似BBS综合症家系临床表型复杂,遗传方式不明确。通过常规的分子遗传学手段很难对这四个家系的致病基因进行研究,通过外显子组测序这种高通量技术,找到家系有关的致病基因,基本明确了这些家系的致病机理。
结论 1、通过对4个复杂眼病的外显子组测序进行数据分析发现,根据家系的遗传特点来设定参数进行数据筛选非常重要。2、通过对筛选出的候选致病基因进行全面分析,结合家系的遗传特点来判定其致病基因。3、外显子组测序技术可以对复杂眼病进行研究,为遗传方式复杂、临床表型复杂等的眼病提供新的研究思路。

 

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