免疫相关性角膜溃疡是与眼局部或全身免疫异常有关的角膜溃疡，大部分发生在边缘部分的角膜上，但与mooren角膜溃疡不同，免疫相关性角膜溃疡常较浅，药物治疗有效，治愈后反复少。
因羊膜具有降低角膜炎性反应，促进角膜上皮化，恢复正常的角膜上皮表型的生物学基础。
首先，在角膜溃疡时，角膜基质中有大量炎性细胞浸润，释放多种蛋白酶，导致胶原纤维分解坏死，目前临床没有有效的药物治疗和控制其酶的作用，基质溶解坏死持续存在，致角膜溃疡经久不愈。其次，羊膜中含有多种生长因子，如成纤维细胞生长因子、肝细胞生长因子、转化生长因子-β(TGF-β)等，有利于上皮细胞分化移行，增强上皮细胞粘附性，可以促进角膜上皮的修复。第三，羊膜移植后，暂时覆盖了病变角膜，减轻炎症刺激，缓解了患者的刺激症状，减少流泪，从而降低大量泪液稀释滴眼液的机会，有利于上皮组织的修复。第四，羊膜是一种生物膜，在滴眼液时，羊膜可以吸收大量药液，而后以持续高浓度向角膜释放，形成类似药物缓释装置。再则，羊膜减少疤痕形成。
抗原在角膜组织内诱发的局部免疫反应对角膜组织的损害，溃疡周围上皮细胞的正常愈合能力受到抑制。如果应用糖皮质激素会增强治疗作用，能够达到有效抑制的角膜局部免疫反应，但是由于角膜溃疡的存在限制了激素的应用。如何对这些患者有效使用糖皮质激素，而又不致引起副作用的发生，是治疗免疫相关性角膜溃疡的关键。
手术过程及技巧
用锐的手术刀刮除角膜溃疡表面的坏死组织，最好达到近正常的角膜组织为止，充分暴露溃疡的大小。溃疡周围角膜水肿明显时，可用大头针进行轻度烧灼，使溃疡边缘整齐。视溃疡深度选用双层或单层羊膜覆盖在溃疡面上，最好与溃疡边缘大小相吻合，行间断缝合在溃疡面上，再用一个大的羊膜覆盖在全角膜上，起到一个羊膜接触镜的作用，利于溃疡表面的小羊膜能起到上皮基底膜的作用，利于溃疡处的上皮愈合。其二，手术清除了角膜溃疡表面的坏死组织，减少了胶原酶和蛋白酶的释放，又有双或多层羊膜覆盖在溃疡面上，故手术后局部应用糖皮质激素，能达到很好的抗炎、抗免疫作用，不至于引起角膜溃疡融解加剧。故此手术解决了这类免疫相关的角膜溃疡时不能及时应用糖皮质激素控制严症的难题，起到促进溃疡愈合和避免了局部应用糖皮质激素致溃疡不愈合的副作用。