目的  确定中国一个常染色体显性遗传先天性无虹膜症家系与PAX6基因是否相关。

方法  提取中国一个常染色体显性遗传先天性无虹膜家系ANL先证者Ⅲ:9基因组DNA，采用PCR扩增直接测序法测定其PAX6基因3个转录异构体的2个启动子区、5’端非编码区(5’-untranslated region,5’-UTR)、编码区(coding region )、3’端非编码区(3’-untranslated region,3’-UTR)以及剪接位点的DNA序列；分析序列结果未发现致病突变后采用实时定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)方法测定PAX6基因3个转录异构体所有外显子拷贝数，qPCR采用ΔΔCt相对定量数据分析方法；分析拷贝数未发现异常后在PAX6基因附近选取6个微卫星标记D11S904、D11S1324、D11S914、D11S1776、D11S907和D11S935进行连锁分析，采用LOD值两点连锁分析，并构建单体型。

结果  先证者Ⅲ:9的PAX6基因在转录异构体3启动子区检测到4个已报道的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP) rs1806155、rs5790870、rs1806156、rs1806157和rs1806180，并检测到1个未报道为SNP但与疾病表型无共分离现象的碱基替换g.-1217C＞T；在第12号内含子检测到1个SNP rs3026393；在3’-UTR检测到1个SNP rs1506。转录异构体1和转录异构体2启动子区因GC含量过高导致PCR经反复优化条件仍扩增失败。PAX6基因3个转录异构体各外显子拷贝数均为双拷贝。6个微卫星标记中在PAX6基因下游微卫星标记D11S1324取得LOD最大值3.16(θ=0)，且其附近标记物的LOD值均在θ=0时取得大于1的正数。单体型分析表明6个微卫星标记构成的区域在家系中呈现出与疾病表型共分离现象。

结论  先天性无虹膜症家系ANL的致病基因定位于PAX6基因附近，并且位于PAX6基因下游的可能性大。