目的]用基因芯片技术研究小鼠真菌性角膜炎模型中角膜基因表达谱的变化,寻找与真菌性角膜炎发病机理相关的基因。
[方法]收取Babl/c小鼠角膜,在培养板内与经过热灭活的烟曲霉菌共同培养24小时,收获真菌感染组和对照组(未用真菌处理)角膜片,制备总RNA,反转录为cDNA后制备cRNA并分别用Cy5和Cy3染料标记,然后采用Agilent小鼠oligo芯片对cDNA进行基因谱对比分析。对部分基因的表达变化采用半定量反转录PCR进行验证。
[结果]在芯片点布的共20868条基因中,共检测到符合各种质控标准的基因18169条,检测率为87.89%,变异系数平均值为7.33%,表明检测结果的稳定性和可靠性。经背景补偿后测得在真菌处理的角膜内表达量上升一倍以上的基因61条,下降50%以上的基因48条;其中既包括功能已知的基因如IL3(↑2.95倍)、基质金属蛋白酶24(↓55%)等,也包括一些功能未知的基因如富含脯氨酸的蛋白MP4(↑5.3倍)或者仅仅推测编码某基因的序列如Riken cDNA 1700102P08序列(↑3.1倍)等。通过半定量反转录PCR对部分有可能有重要意义的基因的变化趋势进行了验证。多糖结合配体(Mannose Binding Ligands, MBL)是介导某些上皮细胞与病原体结合的分子并可启动细胞的非特异性免疫反应,基因芯片数据显示小鼠角膜片用真菌处理后MBL-A的表达↑3.49倍,对小鼠真菌性角膜炎模型的小鼠眼球进行MBL-A免疫组化,验证了MBL-A的表达在真菌感染的角膜中表达明显增强,提示MBL-A可能参与真菌性角膜炎的病理过程。其他基因的可能作用仍在探讨中。
[结论]基因芯片技术是眼科基础研究中的有效工具,在真菌性角膜炎的基因谱研究中结合其他技术提示了多种基因可能参与该病的病理过程。
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