中国协和医科大学的前身是北京协和医学院，其眼科学系的成立于1920年，是我国最早成立的眼科学系之一 眼科学系第一任主任是著名眼科学家Harvey Howard教授。在他任职期间（1920-1927），他首先敦请了世界眼科泰斗奥地利籍Ernst Fuchs教授来该系任职（1921-1922）。以后，有包括Ernst Fuchs 之子AalbertFuchs（1923-1924）、Arnold Pillat（1925、1928-1930)、Ladwlng von Sallmann(1930-1931)、Pete Kronfeld（1931-1939）、Peter Soudakoff（1923－1940）等多位世界著名眼科专相继在协和眼科学系任职。在他们的领导下，创建了誉满全球的北京协和医学院眼科学系。当时，奥地利的维也纳是世界的眼科中心；在建系之初的20余年间，北京协和医学院眼科学系以其崇高的学术地位和医疗地位，赢得了“东方维也纳”的赞誉

    北京协和医学院眼科学系创办以来，广泛开展临床、防盲和基础医学研究工作，重视人才培养，造就了我国第一代眼科先辈（如毕华德、林文秉、周诚浒、张式溥、姜辛曼、刘宝华、潘作新、罗宗货、林景台等），对开创和促进我国眼科事业的发展发挥了极其重要的作用 第二次世界大战时，北京协和医学院协和医院被迫关闭。1947年，北京协和医学院协和医院重新恢复；1949年，眼科学系得到恢复。1950年，为了接受抗美援朝伤病员，成立了中国医院。中国医院借用协和医院一部分病区收治伤员，并建立了眼科门诊和病房。

    l951年，中央人民政府接管北京协和医学院，并将其与中国医院合并，成立了新的北京协和医学院（1984年更名为中国协和医科大学），从此翻开了北京协和医学院眼科学系历史上的新一页。新中国成立50年来，眼科学系经历了漫长的艰辛奋斗历程，得到很大发展 中国协和医科大学眼科学系是国内首批硕士、博士学位授权单位和博士后流动站，被国家教委指定其为重点学科。

   1984年，经国家批准，成立了中国医学科学院眼科研究中心。研究中心同时是中国协和医科大学眼科学系和北京协和医院眼科，由研究部、医疗部和眼库三个部分构成是研究、医疗和教学三结合的机构。研究部设有中心生物医学实验室、眼病理室、眼显微手术及动物实验室、眼电生理室、眼底病学研究室、青光眼研究室、眼流行病学及防盲研究室、神经眼科及视觉科学研究室、眼免疫疾病研究室、眼遗传病研究室、视光学研究室等10余个实验室、研究室。医疗部包括眼科门诊（含综合眼科门诊和眼底病、青光眼、神经眼科、白内障、葡萄膜炎、遗传病、屈光不正和眼肌、眼科整形等专科门诊）、眼科临床技术部、眼科病房、眼科手术室和眼科激光治疗中心。研究中心作为中国协和医科大学眼科学系，承担着中国协和医科大学本科学生、研究生的教学培养工作和住院医生、国内外进修生及护士的培训工作。眼科研究中心眼库由中国残疾人联合会资助建立，是我国最早建立的眼库之一 在2000年新世纪到来之际，北京协和医院又对眼科进行了重点投资建设。现在，研究中心已成为具有全面技术力量、拥有全面现代化设备的眼科科研、医疗和高水平科技人才培养的基地，正在为国家医疗事业和医学科学、医学教育事业的繁荣发展发挥着巨大的作用